ChatGPT та AlphaFold допомогли створити персоналізовану вакцину для собаки хворої на рак

Коли його улюбленому собаці залишилося жити лічені місяці, австралієць використав потужність машинного навчання та технологію мРНК для розробки ліків.

Втрату улюбленого вихованця важко прийняти будь-кому, але австралійський технологічний підприємець відмовився здаватися, коли у його п'ятирічної врятованої собаки Розі діагностували термінальну стадію раку. Звернувшись до ChatGPT та AlphaFold, Пол Конінгем разом із вченими створив персоналізовану мРНК-вакцину. "Ми взяли її пухлину, секвенували ДНК, перетворили її з тканини на дані, а потім використали їх для пошуку проблеми в її ДНК і розробили на цій основі ліки", - розповів власник Розі Пол Конінгем. "ChatGPT допомагав протягом усього процесу".

"Що у цьому захоплює і що є таким цікавим, так це те, що він використав ChatGPT для ідентифікації послідовності та створення РНК-вакцини, а потім зміг досить швидко її згенерувати та ввести", - сказав Стівен Хсешенг Лін, лікар-науковець з Онкологічного центру доктора філософії Андерсона. "Отже, шлях від ідеї до втілення і до реального пацієнта - у цьому випадку тварини - просто вражає".

У Розі була мастоцитома розміром з тенісний м'яч на лапі, і її рухливість погіршувалася. Це найпоширеніший тип раку шкіри у собак, мастоцитоми виділяють гістамін і викликають низку проблем зі здоров'ям. Розі вже лікували хірургічним втручанням та хімієтерапією, але марно - ветеринари давали їй лише кілька місяців життя.

Пол Конінгем співпрацював з науковцями з Університету Нового Південного Уельсу для секвенування генома Розі та створення персоналізованої мРНК-вакцини.

Конінгем, аналітик даних з досвідом у машинному навчанні, але без знань у біології, попросив ChatGPT допомогти йому знайти ліки. Першим кроком було секвенування ДНК пухлини Розі. Він працював з Мартіном Смітом, обчислювальним біологом в Центрі геноміки Університету Нового Південного Уельсу (UNSW), який спочатку скептично поставився до цього дивного прохання. Конінгем запевнив його, що без проблем проаналізує дані, використовуючи ChatGPT для визначення неоантигенів, присутніх на пухлині, та AlphaFold від Google DeepMind для передбачення структури білків.

Вибравши, які частини білка можна використати для створення персоналізованої мРНК-вакцини, він звернувся до Палла Тордарсона, експерта з біоміметичної хімії в Інституті РНК Університету Нового Південного Уельсу, і попросив його створити мРНК для неоантигенів Розі з матриці ДНК. "Дійсно особливою частиною цієї історії є те, що цю роботу виконав Пол - людина, яка не має знань ні в біології, ні в медицині, ні в хімії", - зазначив Тордарсон. "Він зібрав дані секвенування геному і на їх основі використав штучний інтелект для визначення неоантигенів".

Команда Тордарсона виробила сотні різних молекул мРНК для терапевтичних цілей, але ніколи не працювала над вакциною проти раку, тому вони з радістю вхопилися за можливість співпраці.

Хоча лікування не стало повним зціленням, рухливість та якість життя Розі кардинально покращилися. Зараз Конінгем і залучені вчені працюють над бустерними дозами для лікування її резистентних пухлин.